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一、保持足够的空间
若硬盘的剩余空间太小的话，运行应用程序的速度将会变慢，磁盘碎片整理也很难进行。所以，对于比较小的磁盘分区最好保持15%以上的可用空间；对于比较大的磁盘分区最好保持5%以上的可用空间；对于引导分区，至少要有40MB以上的可用空间。另外在使用电脑的过程中，我们应该及时释放浪费的磁盘空间，例如包括清空回收站、删除上网后的历史记录以及删除临时文件夹和文件。
二、关闭已经打开的应用程序
为了加快整理速度，我们在使用磁盘碎片整理程序之前，一定要先把所有已经打开的应用程序都关闭，因为一些程序在运行的过程中可能需要反复地读取硬盘中的数据，这样有可能就会影响碎片整理程序的正常工作，在系统不稳定的情况下甚至还会导致死机现象发生。
三、移动临时交换文件
众所周知，Windows安装所在分区(通常是C盘)碎片越多，系统启动速度越慢。在Win95／98系统中，当应用程序所需的物理内存不足时，默认情况下系统会在C：\WINDOWS系统目录中产生一个文件名为WIN386.SWP的临时交换文件，用该文件所占用的硬盘空间虚拟成内存，即使我们什么也不做，只是打开电脑，该文件也一样存在。很显然，虚拟内存管理程序会对硬盘频繁读写，产生大量的碎片，这是产生硬盘碎片的主要原因。由于我们用户习惯将Win95／98系统和应用程序分别安装在C:\WINDOWS和C:\ Program Files目录下。为避免临时交换文件在C区频繁读写产生的大量的碎片，我们可以将临时交换文件指定在其它分区生成，具体操作步骤如下：首先打开“控制面板”窗口，在该窗口中再用鼠标双击“系统”图标，在弹出的对话框中单击“性能\虚拟内存”，选择“用户自己指定虚拟内存设置”选项，再从“硬盘”选项中选择C盘以外的盘符，如D：\（注意，所选盘符可用空间不可小于100MB！），最后单击“确定”按钮。重新启动系统，我们就会发现WIN386.SWP临时交换文件已经生成在D区的根目录了，也就是说临时交换文件以后只会在D区产生大量的碎片，从而减少C盘碎片，加快电脑系统运行速度。
四、移动网页临时文件夹
每次上网后，IE浏览器将会在C：\WINDOWS\Temporary Internet Files目录中留下许多临时文件。这同样对硬盘读写频繁，产生大量的碎片，从而影响信息访问的速度。我们可以将临时目录指定到其它分区，以避免这个问题。具体操作过程如下：首先在D分区中建立一个临时文件的存放目录，接着用鼠标打开“控制面板”窗口，在该窗口中再用鼠标双击“Internet选项”，在弹出的对话框中单击“设置\移动文件夹”，最后选择D分区中指定的目录即可。经过这样设置后，IE浏览器生成的大量临时文件只会在D区上产生碎片。
五、自动屏蔽屏保程序
在进行磁盘碎片整理工作之前，必须要关闭屏幕保护程序，否则碎片整理程序容易反复地启动。如果每次都需要通过人工方式来关闭，可能比较烦琐。其实，你可以通过修改注册表来实现自动关闭屏幕保护的方法。在命令行中使用regedit命令来打开win9x系统的注册表窗口；打开：“HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets”，然后在此路径下寻找一下是否有Defrag键值，如果没有Defrag键，就新建一个。在Defrag键值下再新建一个名为Settings的主键，然后再在此新建的主键下建立一个名为DisableScreenSaver的主键，最后将它的默认字符串值改为YES即可。以后每次运行磁盘碎片整理时都会自动屏蔽掉屏幕保护，运行完后又会恢复。
六、用专用整理软件
对于一些塞满数据的大硬盘和分区来说，要完全整理一遍，恐怕需要一个漫长的等待过程。但是天外有天，比Windows自带整理程序快的软件不少。如笔者目前使用的Vopt软件整理的速度就非常快，经常使用，系统也能一直保持最佳的状态。建议大家使用Windows的计划任务程序，至少每周自动运行一次Vopt。