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1)观念方面：空气源热泵和燃气、燃煤供热技术相对成熟，使得人们选择地源热泵系统时会面临阻力。
(2)暖通空调技术与其它技术的配合：地源热泵技术是暖通空调技术与钻井技术相结合的综合技术，两者缺一不可，这要求工程组织者和工程技术人员能够合理协调、做好充分的技术经济分析。
(3)对环境的影响：目前地下水的回灌技术不完善，在一定程度上会影响以水为低位热源的地源热泵的进一步推广；此外土壤源热泵空调系统钻井对土壤热、湿及盐分迁移的影响研究有待进一步深入，如何使不利因素减少到最小是必须考虑的问题。
(4)初投资问题：并不是所有的地源热泵系统都是经济合理的，由于钻井费用可能占到整个系统初投资的50%以上，有些投资者可能会回到传统的空调形式。
(5)安装维护：目前地源热泵系统的安装费用较高，与电制冷、天然气加热系统的500～800元/ton相比，地源热泵的600～1000元/ton(1ton= 1.01605t)显然是高的，它的回收期是5～8年；而且地源热泵系统的维护较为困难，这在一定程度上会影响它的使用。
(6)土壤特性：土壤的特性随地点的变化而有所差别，在一地区的研究结果可能完全不适用于另一地区，必须进行相应的修正甚至重新研究。