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一、设置硬盘跳线的方法
挂接双硬盘前，首先要设置好硬盘跳线，硬盘的跳线方法可参考硬盘说明书，不同的硬盘，跳线方法一般也不同。如果一根IDE数据线上只接唯一的一个IDE设备（例如硬盘、光驱、ZIP或MO等），就不需要对这个唯一的IDE设备设置跳线，系统会自动识别这个IDE设备（例如硬盘）的身份。一般都是将性能好的新硬盘（第一硬盘）设为主盘MA（Master Device）接在第一个IDE接口（Primary IDE Connector）上。
至于旧硬盘（第二硬盘），有几种接法：
两个硬盘接在同一根硬盘数据线上，则第二硬盘应设为从盘SL（Slave Device）。 第二硬盘接在第二个IDE接口（Secondary IDE Connector）上，如果该接口的数据线上只有一个硬盘，也没接光驱，那么，第二硬盘就不用跳线；如果这根数据线上还挂有光驱，一般将第二硬盘和光驱的其中一个设为Master Device，另一个设为Slave Device，这由你自己决定。
二、选择CS跳线区分主次盘
提示，在硬盘或光驱上，除了MA、SL跳线外，还有一个CS（Cable Select，电缆选择）跳线。如果跳线选择为CS有效，该IDE设备的主、从身份就由硬盘数据线决定。
一般来说，连接在硬盘数据线中间插头上的盘是主盘，连接在硬盘数据线末端插头上的盘是从盘。
但是，光有CS跳线还不行，还需要对普通的40芯硬盘数据线进行改造，即：从带颜色的一边数起，把在两个主、从盘插头之间的第28根线切断，注意一定不要切断其它线，这样就可以配合CS跳线作为一条专用硬盘数据线。当需要交换主、从盘身份时，只要把这条硬盘数据线接硬盘的两个插头对调一下即可，而不必把硬盘拆卸下来重新跳线。
这对于双硬盘接在同一根数据线上、需要变换硬盘主、从设置的朋友来说，是很方便的。
三、避免“盘符交错”的措施
安装双硬盘，不能不说“盘符交错”问题。
什么是“盘符交错”呢？举个例子吧。假设你的第一硬盘原来有C、D、E三个分区，分别标记为C1、D1、E1，第二硬盘有C、D两个分区，分别标记为C2、D2。一般情况下，安装双硬盘后，硬盘分区的顺序将为C-C1，D-C2，E-D1，F-E1，G-D2，你看，原来第一硬盘的D、E分区变成了E、F盘，在C、E盘之间嵌入了第二硬盘的C分区，这就是“盘符交错”。“盘符交错”会引起安装双硬盘以前原有的软件、链接等因路径错误而无法正常工作。
可以采取以下措施来避免“盘符交错”。
措施1、屏蔽法
对于两块都有主分区的硬盘来说，可在BIOS设置中将主硬盘设置为AUTO，将从硬盘设置为None。在Windows或Linux系统中就会按IDE接口的先后顺序依次分配盘符，从而避免“盘符交错”，而且也不会破坏硬盘数据。
这样做的好处还有，如果在两块硬盘的主DOS分区分别装有不同的操作系统，可以通过改变CMOS设置激活其中的一个硬盘，屏蔽另一个硬盘，从而启动相应的操作系统。缺点是：在纯DOS就是在单一的DOS模式下将无法找到在BIOS中屏蔽掉的硬盘，也就无法对其进行读写操作了。
措施2、分区法
只在第一硬盘上建立主DOS分区（当然还可以有其它逻辑分区），而将第二硬盘全部划分为扩展分区，然后再在其中划分逻辑分区，就可以彻底避免“盘符交错”了。
当然，对第二硬盘分区前，要备份好你的数据！可以先用方法1安装好双硬盘，再把重要数据备份到第一硬盘上，最后对第二硬盘重新分区。
注：硬盘分为IDE硬盘和SATA硬盘，跳线是有区别的。
IDE硬盘跳线：
硬盘跳线分三种设置：master（主盘）、slave（从盘）、cable select（根据在数据线上的位置决定主从）。
一个IDE接口最多可以接两个IDE设备，这就是说，一般的PC你要想接的硬盘数最多也只能是4个；一个IDE接口能够通过一根数据线同时挂上两个硬盘，这就有了跳线问题，为了区分这两个硬盘，必须要给他们做上“标记”，我们能够直接操作的那就是跳线；一般在硬盘体上面都有说明，跳线要如何设置才能够让系统正常启动；
如果是系统硬盘的话当然要把它设置成Master模式，即把它当作主硬盘，一般也把它接到第一个IDE接口上，当然接到第二个IDE接口上也不会出现什么严重问题，只是可能每次系统会弹出选择框要你选择从哪个盘启动；所以这个习惯上一般是先把第一个IDE接口的位置占满之后再挂到第二个IDE接口上，另外一个习惯就是光驱一般接到第二个IDE接口上。所以现在我们假设第一个IDE接口上已经接了一个跳线设为Master模式的硬盘，你现在还想在这个接口上通过同一根数据线再接一个硬盘的话，那么你必须要把这个后来挂上去的硬盘的跳线设为Slave模式，即从盘模式。如果你把两个都设为Master的话，系统肯定不能启动！
那么第二个IDE接口你也要挂两个硬盘的话，不管其中一个硬盘是不是系统盘，你都要把他们的主从分开，依照上面的设置行事；另外还有一点就是，现在的主板一般都有主从硬盘自动选择功能
注：98年以前的主板可能没有这种功能），所以你只要把你所要挂到机器上所有的硬盘的跳线设置为cable select注：根据在数据线上的位置决定主从）就可以了！
SATA硬盘跳线：
两块ST盘,无主从之分，直接把跳线都拔掉即可，如果是不同牌子的盘且要接在同一条数据线上的话，主从跳法在硬盘标上能找到，数据线那边是这样的"远主近从" 。